Também estou iniciando e também me fiz essa pergunta. Irei tentar ajudar na medida do possível e através das minhas pesquisas na web:
Criar um README.md na raiz do repositório: O arquivo README é fundamental para dar uma visão geral do seu projeto, a professora Elidiana Andrade deixou muito bem explicado essa informação no curso Versionamento de código. Essa informação pesquisei no Google: "Organizar as pastas de forma significativa : Divida seus arquivos em pastas com nomes claros e autoexplicativos, como:
src/(ou code/) - Contém os arquivos-fonte do seu projeto
tests/- Abriga os testes automatizados
docs/- Guarda a documentação do projeto
resources/- Contém arquivos de configuração, imagens, etc. Utilização README.md nas pastas importantes : Além do README na raiz, considere incluir arquivos README em pastas específicas, como src/e docs/"
Seguir boas práticas de versionamento : Utilize um fluxo de trabalho de versionamento, como o Git Flow, para manter um histórico claro de commits e ramificações.
Aprendi muito no curso da Elidiana Andrade, mas fiquei bem perdido também, fiz diversas pesquisas e, à medida que o cursos avança, a gente utiliza bastante o repositório.